在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

旧日的旅程画上了终点，新的旅程即将拉开序幕。近日里，创界山很不太平，怒鸣神家族蠢蠢欲动，开始收集起了创界山人民的善心，一场精心策划的阴谋正在酝酿之中。战部渡（田中真弓 配音）亦不能幸免，丢掉了善心，因而变成了调皮捣蛋的熊孩子，火美子（林原惠美 配音）和武一郎（西村知道 配音）得知此事找到了战部渡，将他从龙神町带回创界山。魔王收集善心的目的是为了打造世界上最坚硬的铠甲，凭此统治创界山，在战斗之中找回理智重新振作的战部渡决心一定要粉碎魔王的阴谋。战部渡驾驶着龙神丸，在各个界层里穿梭，收集神圣力量以对抗魔王，在和魔王激烈的交战之中，战部渡能否获得最终的胜利？

13岁的少年刘昴星（田中真弓 配音）在料理方面具有极高的天赋，自从母亲去世后，他和姐姐合力经营菊下楼，过着平静自在的生活。然而一个不速之客打破了这一切，母亲的徒弟绍安意图霸占酒楼，经过一番料理对决，阿昴凭借高超的厨艺和对饮食的理解打败了绍安，也因此得到李提督（小杉十郎太 配音）的赏识。在此之后，阿昴前往广州，拜在阳泉楼掌厨及第的门下修炼，为了取得特级厨师的资格经历了各种各样的考验。在此期间，他和师兄阿Q逐渐成为并肩作战的好朋友，还共同参加竞争激烈的料理大战，日后更和恐怖的暗黑料理界展开对决……本片根据日本漫画家小川悦司的同名作品《中华一番！》改编。

故事中的世界是以中世纪欧洲为基本架构，除了人类以外还有龙、精灵以及哥布林的存在，是典型的托尔金系统中的奇幻世界。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毁灭世界而战。赤眼魔王和赤龙神为了各自的目的而战。赤龙神将赤眼魔王击败，并将它分为七部份。为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。一千年前，魔王的一部份觉醒了。它率领着魔族们向赤龙神的一个分身——水龙王挑战。魔王五个手下中的四个设下了结界，由它和魔龙王一起直接跟水龙王决斗。后来，魔王的计划宣告失败，魔龙王被封印。魔族的行动渐趋寂静……一千年后，自称“天才美少女魔导士”莉娜·因巴斯诞生了。故事也从她在森林里遭遇盗贼，得到流浪佣兵高里·卡布列夫的相助开始。从此他自称为莉娜的监护人成为共同旅行的伙伴。而两人的命运又和魔王有着不可分割的关联.....

一个善良的老爷爷种了一棵葫芦树，在他的悉心照顾下，葫芦藤很快结出了七颗大葫芦。葫芦们都很有灵性，老爷爷来了他们争先恐后的叫爷爷，老爷爷十分开心。然而一天，山里的蛇精将老爷爷捉走了，葫芦们看着十分着急，却也无能为力。随后，葫芦们一个个开始成熟了，一天，最大的那个葫芦掉在地上，一个葫芦娃从里面蹦了出来。他向兄弟们挥挥手，决定单枪匹马闯蛇洞去救出爷爷。他能成功吗？

经过一番激烈的搏斗，葫芦七兄弟团结一心，终于把蛇精和蝎子精打败，七兄弟化作七色奇峰，将妖精镇压山下。葫芦兄弟和妖精的战争惊动了住在山中另一边的青蛇精。青蛇精是蛇精夫人的妹妹，她比姐姐更加狡猾。得知葫芦山争斗的始末，青蛇精决定将葫芦娃们抓来炼成长生不老的七心丹，替姐姐报仇。葫芦七兄弟虽然勇猛非常，却不敌妖怪的狡猾。青蛇精采取各个击破的战术，利用锦囊中的宝物将七兄弟一一降伏。一番斗智斗勇过后，葫芦兄弟全部成为青蛇精的俘虏。原本想炼成七心丹的青蛇精，却没留神炼出综合了七兄弟本领的葫芦小金刚。葫芦小金刚和妖精的战争更加激烈……本片荣获1991年广播电影电视部优秀影片奖第二届全国影视动画展播荣誉奖。

经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕……本片为《魔神英雄传》系列第二部。